曾用刊名：福建农业大学学报;福建农学院学报
历史沿革
《福建农林大学学报（自然科学版）》创办于1953年，原刊名《福建农学院学报》，英文刊名Journal of Fujian Agricultural College；1995年因学校更名，刊名改为《福建农业大学学报》，英文刊名Journal of Fujian Agricultural University；1997年再次因学校更名以及《福建农林大学学报（哲学社会科学版）》的创办，刊名改为《福建农林大学学报（自然科学版）》,英文刊名Journal of Fujian Agriculture and Forestry University (Natural Science Edition)。2006年之前，刊期为季刊。2006年起刊期改为双月刊，刊号CN35-1255/S、ISSN1671-5470，大16开。每期页码逐年增加，2020年增至144页。
报道内容
《福建农林大学学报（自然科学版）》是综合性农业学术期刊，主要报道校内各项课题的研究成果、研究进展，并兼收部分校外优质稿件。刊载的论文主要集中在农业、林业、生物及相关学科领域，栏目设置与学校的学科相对应，主要有作物科学、植物保护、园艺科学、生命科学、林业科学、动物科学、资源与环境、食品科学、材料工程、机电工程、计算机与信息等。刊载的论文基本上都来自省级以上基金资助项目，学术质量较高。主要读者对象为农业、林业科研人员及农林院校师生。
学术影响
《福建农林大学学报（自然科学版）》为“中国科学引文数据库”来源期刊（CSCD）、中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊，入编《中文核心期刊要目总览》(北大版核心期刊)，属综合性农业科学类中文核心期刊。
获得的荣誉
近年来，主要获得如下荣誉：
1999年获全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊二等奖、福建省高校优秀自然科学学报一等奖；
2000年获全国优秀农业期刊一等奖；
2001年被国家新闻出版总署遴选为“中国期刊方阵——双效期刊”；
2004年获全国高校科技期刊一等奖；
2006年获第一届中国高校优秀科技期刊奖、福建省高校精品学报奖；
2008年获第二届中国高校精品科技期刊奖、福建省十佳期刊提名奖；
2009年获第四届华东地区优秀期刊奖；
2010年获第三届中国高校精品科技期刊奖；
2013年第五届华东地区优秀期刊奖；
2014年获第五届中国高校优秀科技期刊奖；
2016年获中国高校百佳科技期刊奖；
2017年获第六届华东地区优秀期刊奖。